Cuando estalló la II Guerra Mundial en 1939, los Países Bajos proclamaron de nuevo su neutralidad. Sin embargo, las fuerzas nacionalsocialistas invadieron el país en 1940, tras un bombardeo aéreo que destruyó la mayor parte del puerto de Rotterdam. También se produjeron grandes daños en otras partes del país, causados no sólo por los alemanes, sino también por parte holandesa, al abrir numerosos diques como una desesperada medida de defensa, y posteriormente por los ataques aéreos aliados sobre las posiciones ocupadas por los alemanes, que permanecieron en el país hasta que entre 1944 y 1945 fueron expulsados.

Los años que siguieron a la II Guerra Mundial estuvieron marcados por intensos esfuerzos para reconstruir el país y restaurar su comercio e industria, al tiempo que participaban en numerosos organismos internacionales. En 1945, los Países Bajos se convirtieron en miembro fundador de la Organización de las Naciones Unidas. En 1948, recibieron fondos a través del Programa de Reconstrucción Europea o Plan Marshall. Los Países Bajos se unieron a Bélgica, Francia, Gran Bretaña y Luxemburgo para firmar en 1948 el Tratado de Bruselas (véase Unión Europea Occidental), y fueron miembro fundador, en 1952, de la Comunidad Europea del Carbón y del Acero (CECA).