Een terreuraanslag op het Indiase parlement in december 2001 leidde tot hevige spanningen. India beschuldigde Pakistan ervan achter de aanslag te zitten en eiste optreden tegen terroristenkampen in Pakistan. Pakistan ontkende elke betrokkenheid en suggereerde binnenlandse Indiase motieven voor de aanval. Toen een oorlog tussen beide landen onvermijdelijk leek, nam president Musharraf van Pakistan verregaande maatregelen tegen de moslimfundamentalisten in eigen land, onder meer met de arrestatie van honderden actieve leden van enkele extremistische organisaties. Het duurde echter tot oktober 2002 voor de hoge spanning langs de grens was weggeëbd. India bleef Pakistan echter beschuldigen van staatsterrorisme, en weigerde elk gesprek over normalisering van de betrekkingen.

In november 2003 kondigde Pakistan eenzijdig een staakt-het-vuren af in Kashmir, nadat India had voorgesteld het aantal bus- en treinverbindingen tussen beide landen uit te breiden. India nam de wapenstilstand over. Vanaf januari 2004 was luchtverkeer weer mogelijk, en in juni 2004 werd een telefonische ‘hotline’ aangelegd tussen de leiders van de twee kernmogendheden om het risico op een nucleair conflict te verminderen. India kondigde een forse reductie aan van het aantal troepen in Kashmir. In april 2005 werd het mogelijk de grens met Pakistan over te steken. De grens was ruim vijftig jaar gesloten geweest. De aanslag op de ‘goodwill-trein’ op 19 februari 2007 tussen Delhi en Lahore in Pakistan, leidde niet tot het afbreken van de gesprekken tussen de beide landen over de status van Kashmir.