Maar het Portugese nationalisme, actief bevorderd door de geestelijkheid, kwam steeds meer in verzet tegen de onderdrukking en uitbuiting. Eind 1640 maakte een kleine groep van samenzweerders, profiterend van de moeilijkheden waarin Spanje zich toen bevond, een eind aan de Spaanse overheersing, hetgeen door het overgrote deel van de bevolking geestdriftig werd toegejuicht. De hertog van Bragança werd tot koning Johan IV uitgeroepen.

Johan IV (1640–1656) moest zich voorbereiden op een aanval van Spanje, bondgenoten zien te krijgen in Europa, de verloren koloniën trachten te herwinnen en zich de medewerking weten te verschaffen van het door Spanje beïnvloede Rome.

Dankzij het werk van enige bekwame ministers, de verzwakking van het aan alle kanten bestookte Spanje en de verdeeldheid van de Europese machten heeft hij een groot deel van dit programma kunnen uitvoeren. De Portugese legers beperkten zich in de strijd tegen Spanje tot het defensief, en niet zonder succes; onder Alfons VI kwam in 1668 de vrede tot stand, het jaar daarna erkend door Rome. Reeds eerder bij de vrede met de Republiek (1661) waren de Portugese rechten op Brazilië en Angola erkend. De hernieuwde alliantie met Engeland (1662 huwelijk van Catharina van Bragança met Karel II) kostte Portugal o.a. het bezit van Bombay. Van het Portugese imperium in het oosten waren slechts restanten overgebleven, maar de onafhankelijkheid van het land was verzekerd. Toch slaagde Portugal er niet in zich tot een moderne mogendheid op te werken. Het Methuen-verdrag (1703) maakte het land politiek en economisch afhankelijk van Engeland; het verdrag schiep door de economische ongelijkheid die het bestendigde, een soort neokoloniale verhouding. Het Braziliaanse goud, dat in de 18de eeuw naar Portugal begon te stromen, werd door de prachtlievende barokvorst Johan V (1707–1750) aan o.a. pompeuze bouwwerken (o.a. kloosterkerk van Mafra) besteed. Zijn opvolger Jozef Emanuel (1750–1777) liet de regering over aan zijn minister Pombal, een typische vertegenwoordiger van het verlicht despotisme. Hij liet Lissabon na de aardbeving in 1755 planmatig herbouwen. Pombal probeerde het land op hardhandige wijze te moderniseren en hij trachtte de macht van de hoge adel en de kerk te breken en de staatsmacht te versterken.

In 1759 werden de jezuïeten verdreven. Hoewel veel van Pombals hervormingen door Marian I da Gloria (1777–1816) ongedaan werd gemaakt, heeft hij een blijvend stempel op het land gedrukt.

Toen de legers van Napoleon in 1809 Portugal binnenvielen, week de koninklijke familie uit naar Brazilië. Een regentschap bleef achter, maar het land werd beheerst door de Engels-Spaanse strijdmachten die onder Wellington de Franse invallers bestreden. Vier jaar oorlog en guerrilla verwoestten het land. Het hof regeerde vanuit Brazilië tot een liberale revolutie in 1821 koning Johan VI (1816–1826) dwong naar Europa terug te keren. Hij had zijn zoon Peter in Brazilië als regent achtergelaten, die in 1822 de onafhankelijkheid van de kolonie uitriep. Na zijn dood brak er een burgeroorlog uit tussen de absolutisten (onder leiding van Dom Miguel) en de liberalen, waarin Peter van Brazilië, die inmiddels van het keizerschap in de voormalige kolonie afstand had gedaan, intervenieerde ten gunste van de liberalen, en met succes. Kort na de overwinning overleed hij (als Peter IV van Portugal); zijn dochter Maria II da Gloria (1834–1853) volgde hem op.

Portugal was in de 19de eeuw een constitutionele monarchie met een vrij liberale grondwet; maar van de uitwerking daarvan kwam in de praktijk weinig terecht: het parlement leefde zich uit in steriele partijtwisten en trok zich van de reële noden van de bevolking slechts weinig aan; voor zover de vorsten zich inderdaad met de politiek inlieten, grepen zij dikwijls naar het wapen van de dictatuur; de bevolking op het platteland leefde in feodale omstandigheden en in grote onwetendheid (in 1890 was 76% van het volk analfabeet).