Les pumas, les cerfs, plusieurs espèces de singes, des alligators et de nombreux reptiles constituent l’essentiel de la faune sauvage du Nicaragua. On trouve également des perroquets, des colibris et des dindes sauvages en abondance. Le lac Nicaragua, autrefois relié à la mer, a développé une faune marine adaptée aux eaux douces des milieux lacustres, notamment une espèce de requin d’eau douce (carcharhinus nicaraguensis) unique au monde.

Les ressources naturelles du Nicaragua sont essentiellement agricoles. Le sol, de nature volcanique, est extrêmement fertile. L’agriculture y a été dominée pendant des décennies par les cultures d’exportation.