Épargnée par les grandes glaciations du quaternaire, elle reste intacte en de nombreux endroits de l’archipel — en particulier dans les montagnes les plus inaccessibles — et se caractérise par un grand nombre d’espèces végétales différentes (environ 17 000), parmi lesquelles une majorité de feuillus. Les pruniers (ume), blancs et rouges, de même que les cerisiers (sakura), à la floraison précoce, constituent, au même titre que le bambou (take) et le pin (matsu), les symboles traditionnels du pays. On distingue au Japon plusieurs types de paysages. Dans le nord et l’est d’Hokkaido, les conifères forment la majorité de la couverture végétale, associés au bouleau et au frêne. La forêt tempérée réunit feuillus et conifères (chênes, hêtres, érables, thuyas, pins rouges et noirs) au nord d’Honshu. Ensuite, une forêt toujours verte, de type pénétropical, domine à l’ouest : les conifères s’y trouvent mêlés aux bambous, aux magnolias et aux chênes verts. Les conifères issus du reboisement sont désormais majoritaires, mais les espèces insulaires comme le sugi ou le hinoki (sortes de cyprès), qui peuvent atteindre des hauteurs impressionnantes, constituent encore des massifs importants. À Kyushu, à Shikoku et dans le sud de Honshu, on rencontre plutôt des espèces végétales subtropicales, telles que le bambou, le camphrier, le magnolia et le figuier banian. On y cultive aussi l’arbre à thé, l’arbre à laque (uruchi) et l’arbre à cire (haze).
