Onder de zelfstandige rivierstelsels zijn de voornaamste die van Elbe, Weser en Rijn, die naar de Noordzee stromen, en dat van de Donau die in de Zwarte Zee uitmondt. De Weser (Werra) is hiervan de enige die geheel door Duits gebied stroomt. Verder zijn de belangrijkste rivieren de Oder, met de zijrivier de Neisse, de Moezel en de Main, zijrivieren van de Rijn, en de Ems. In het algemeen zijn de rivieren genormaliseerd en door kanalen onderling verbonden. De voor de scheepvaart belangrijke kanalen zijn: het Mittellandkanal, het Dortmund–Ems-Kanal, het Nord–Ostsee-Kanal, het Oder–Spree-Kanal, het Ems–Jade-Kanal, het Oder–Havel-Kanal, het Küstenkanal, het Elbe–Lübeck-Kanal, het Wesel–Datteln-Kanal, het Elbe–Havel-Kanal en het Rhein–Herne-Kanal. In 1999 werd het Main-Donaukanaal geopend.