Les îles, soumises à un climat tropical humide, sont exposées à la mousson de l’océan Indien de novembre à mai, ainsi qu’aux alizés, qui prévalent le reste de l’année. Les températures vont de 23 °C à 26 °C en moyenne, toutefois le climat subit d’importantes variations locales. Les précipitations varient en fonction de l’altitude ; Moroni reçoit 2 600 mm d’eau par an, mais le massif du Kartala en reçoit de 6 000 à 8 000 mm par an.